Novalja vznikla jako přístav nedalekého města Cissy, které bylo zničeno zemětřesením ve 4. století. Odtud pochází i název Novalja - latinsky Novalis, což znamená přístav. Cissa, jejíž historie je neoddělitelná od dějin Novalji, stála v západní části Pažského zálivu. Po příchodu Římanů na ostrov získala Cissa vlastní statut a místní samosprávu, takže se stala městem podle všech pravidel. Velký počet historiků považuje Novalju a Cissu za jedno město, čili že se pod názvem Cissa rozumí i současná Novalja. Do 6. století byla Cissa, a tedy i Novalja, hospodářským, náboženským a obchodním střediskem ostrova Pagu. Do té doby se i celému ostrovu říkalo Cissa. Před příchodem Chorvatů v oblasti Novalji sídlilo románské obyvatelstvo, které však bylo brzy potlačeno.
Novalja si až do roku 1203 zachovala svůj význam strategického jadranského přístavu a ústředního ostrovního města. Avšak téhož roku křižáci zcela zbořili a zničili Cissu, a tím zastavili rozvoj také Novalji. Novalja nebyla ušetřena ani následků těžkých bojů mezi Rabem a Zadarem. Zadarané se snažili pokořit Pag a Rabané Novalju. Novalja, podobně jako i další ostrovní města, byla příliš slabá pro přímou účast v těchto těžkých bojích, a tak její obyvatelstvo mohlo jen přihlížet na události a trpět následky. Když byla v 15. století nastolena moc Benátské republiky, byl ostrov poprvé administrativně rozdělen na dvě části. Novalja připadla Rabu, čili Rabskému arcibiskupství, zatímco Pag připadl arcibiskupství Zadarskému. I přes toto rozdělení byl v 19. století na celém ostrově zřízen jednotný administrativní celek, z něhož byl vyčleněn jen výběžek, na němž se nachází Lun. Lun připadl obci Rab.
Novaljané si vždy přáli vlastní autonomii, samosprávu ve své oblasti. Obyvatelstvo Novalji po desetiletí vynakládalo obrovské úsilí, aby Novalja dosáhla toho, že bude disponovat svými penězi, a tyto snahy měly za následek založení obce Novalja v roce 1924. Avšak v roce 1954 nové státní uspořádání odebralo Novalji status samostatné obce a Novalja se stala součástí obce Pag. Od té doby až do oddělení ostrova od obce Pag v roce 1993 měla Novalja statut místního výboru. Když Chorvatský sněm v roce 1993 rozhodl o založení obce Novalja, do hranic nové správní jednotky se kromě Novalji dostaly i místa Lun, Jakišnica, Stara Novalja, Kustići, Zubovići, Metajna, Caska a Pajac.
Nejsvětlejší moment v administrativním rozvoji Novalji se stal v lednu roku 1997. Tehdy Chorvatský sněm přinesl rozhodnutí, kterým Novalja získala status města. Bylo to dovršení staletého úsilí Novaljanů o dosažení vlastní samosprávy, statutu, který si po stovky let přálo mnoho pokolení.
V oblasti města Novalja žije na rozloze 93,3 km2 3339 obyvatel, z toho je 95,6 % Chorvatů, římských katolíků se dvěma farami - Novaljou a Lunem.
Město Novalja správně zahrnuje tyto obce:
V Novalji se intenzivně stavělo již v antice za Římanů. Obzvlášť velký počet sakrálních staveb byl zbudován v období raného křesťanství, kdy Novalja byla střediskem ostrovního náboženského života a určitou dobu i sídlem biskupství. Cissa je název města, které kdysi stálo v současné zátoce Caska a které se po zemětřesení ve 4. století propadlo do moře. Pozůstatky Cissy dodnes leží na dně moře a archeologové zde objevili i podlahovou mozaiku římského domu. V Cisse byl objeven i vodovod, který lze dle slov akademika M. Suiće srovnávat i se starým římským vodovodem. Obyvatelé objevili náhrobní kameny, zbytky cest a pevností. Velký počet nálezů z okolí někdejší Cissy se opatruje v archeologické sbírce v Novalji.
„Talijanova buža“ (Italova díra) je název části římského vodovodu. Zajímavostí tohoto vodovodu je způsob jeho výstavby. Byl totiž proražen ve skále a je tak vysoký, že jím pohodlně projde průměrně velký člověk. Talijanova buža je součástí vodovodního systému, který vedl z Kolanu do Cissy.
Pag je pověstný svým nočním životem, především na pláži Zrče a v Novalji.
